Về Đông tiến, trên bản đồ vương quốc An Nam do Đắc Lộ vẽ và ấn hành năm 1651, ngoài khơi dinh PHOẠN (dinh Phú Yên) có vẽ hai quần đảo chi chít và ghi chữ ISLES (các đảo) chú thích về sản vật yến sào ở các đảo.

Phó tướng Tôn Thất Yến hành quân vào Mỗi Xuy là thi hành nhiệm vụ an ninh trật tự trên phần lãnh thổ nội thuộc, dẫu chưa chính thức đặt thành phủ huyện.

Đại Nam nhất thống chí chép rằng: Năm Tân Hợi (1611) người Chiêm xâm lấn biên cảnh, vua sai chủ sự là Văn Phong dẹp yên, lấy đất ấy lập hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa, đặt phủ Phú Yên thuộc Thừa tuyên Quảng Nam và dùng ông làm lưu thủ”.

Vùng đất từ đèo Cù Mông đến núi Đá Bia nay là tỉnh Phú Yên có bề dày lịch sử rất lâu đời. Nơi đây, con người thời kỳ tiền sử - sơ sử sinh sống liên tục đã để lại nhiều dấu tích khảo cổ học từ thời đồ đá cũ, đồ đá mới đến thời kim khí và văn hóa Sa Huỳnh.

Thiết chế xã hội ở vùng Giơ Rai với hai người đứng đầu là Pơtao Ea và Pơtao Apui đã tồn tại từ trước, vào khoảng thế kỷ XV. Tài liệu nghiên cứu điền dã tại làng Plei Pơtao (huyện Chư Sê) và làng Plei Ơi (huyện Ayun Pa, tỉnh Gia Lai) phối hợp với thư tịch cho phép nhận diện được phả hệ của Pơtao Pui đến nay là 15 đời còn của Pơtao Ea đến năm 1955 được 7 đời.

Từ đầu thế kỷ XVII, phủ Phú Yên đảm lãnh vai trò quan trọng của công cuộc mở mang về phía tây. Bằng cách hoạt động kinh tế lâm nghiệp mạnh mẽ và giao thương qua các giao dịch trường, cư dân Phú Yên đã sớm tạo lập được quan hệ với các dân tộc ở phía tây.

Thuộc Kim Hộ, chính hộ nạp vàng mười 3 đồng cân 7 phân thay tiền sai dư và 5 phân thay tiền tiết liệu. Khách hộ nạp 2 đồng cân 7 phân vàng thay tiền sai dư và 3 phân vàng thay tiền tiết liệu (1).

Năm Nhâm Thân (1632), Chúa Nguyễn Phước Nguyên bắt đầu thi hành phép duyệt tuyển, coi là một điển lệ quan trọng của quốc gia.

Ở cấp xã - đơn vị quan trọng nhất của chính quyền cấp cơ sở - họ Nguyễn cho đặt hai chức dịch là tướng thần và xã trưởng. Tùy theo quy mô lớn nhỏ của xã mà đặt số chức dịch tương ứng. Những xã có dưới 70 người thì đặt 1 xã trưởng hoặc 1 tướng thần.

Sông Cầu là vùng đất có nhiều lợi thế phát triển du lịch, được nhiều nhà đầu tư nước ngoài chú ý, song vẫn chưa tạo được sự bứt phá. Vì vậy, cần có những giải pháp đồng bộ để thúc đẩy ngành công nghiệp không khói này phát triển tương xứng với tiềm năng của địa phương.

Cả nước biết đến Vũng Rô là địa chỉ đỏ trong cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước; là bến đỗ của những chuyến tàu Không số chở vũ khí tiếp tế cho miền Nam. Đến Vũng Rô hôm nay, ngoài những câu chuyện lịch sử huyền thoại, khách tham quan còn thưởng ngoạn một khung cảnh thiên nhiên kỳ thú với núi, đảo, vũng vịnh nước xanh vắt như ngọc bích.

Trên bản đồ “Giáp Ngọ niên Bình nam đồ” do Đoan quận công Bùi Thế Đạt vẽ năm 1774 có phủ Phú Yên với hai huyện Đồng Xuân và Tuy Hòa (xem bản đồ trang 80 và 81).

Tổ chức chính quyền thời Chúa Nguyễn ở Đàng Trong theo sự phát triển của quá trình phân liệt, đã chuyển dần từ một bộ máy chính quyền địa phương lệ thuộc trở thành bộ máy chính quyền của một nước riêng biệt.

Cuộc chiến năm 1655-1660, quân Nguyễn chiếm được 7 huyện ở phía nam sông Lam là: Kỳ Hoa, Thạch Hà, Thiên Lộc, Nghi Xuân, La Sơn, Hương Sơn và Thanh Chương. Trong thời gian chiếm đóng 5 năm và khi rút quân về, có rất nhiều gia đình nông dân từ đây được đưa vào an tháp ở Phú Yên. Đó là hai cuộc tháp cư khá lớn vào đất Phú Yên từ cuộc chiến chống Trịnh.

Sau cuộc chiến năm 1627 bị thua, họ Trịnh lại nghĩ cách đem quân đánh họ Nguyễn. Tháng 10 năm Kỷ Tỵ (1629), Trịnh Tráng bàn đem đại binh xâm lược miền Nam. Bầy tôi là Nguyễn Danh Thế hiến kế rằng: “Nay phương Nam vua tôi hòa thuận, nước giàu binh mạnh, mà ta thì hàng năm đói kém, quân nhu không đủ.

Từ năm Canh Tý (1600), Thái tổ Nguyễn Hoàng bắt đầu đường lối cai trị mới để khai thác và mở rộng đất đai vùng Thuận Quảng. Một loạt quyết định quan trọng được ban hành.

Thực hiện chỉ đạo của Tỉnh ủy, UBND tỉnh và Ban Tuyên giáo Tỉnh ủy về tổ chức các hoạt động hướng đến kỷ niệm 400 năm Phú Yên hình thành và phát triển (1611-2011) và Năm Du lịch quốc gia duyên hải Nam Trung bộ - Phú Yên 2011, Báo Phú Yên tổ chức cuộc thi viết “Phú Yên- Ký ức và ước vọng”.

Năm Quang Hưng thứ 20 tức năm Đinh Dậu (1597). Mệnh lệnh cho Lương Văn Chánh đưa dân đi khai hoang lập ấp trên đây do Nguyễn Hoàng ấn ký với tư cách Tổng Trấn Tướng quân. Mệnh lệnh này chứng tỏ sứ mệnh và uy quyền của Nguyễn Hoàng. Mặc dù đang ở xa khu vực trấn trị, Nguyễn Hoàng vẫn nắm chắc quyền chỉ huy nơi biên cương thuộc phạm vi chức trách.