Sau Hiệp định Giơ-ne-vơ, nhân dân Phú Yên cũng như nhân dân miền Nam bắt đầu cuộc đấu tranh mới hết sức gay go, phức tạp, với tay không chống lại tên đế quốc đầu sỏ và ngụy quyền tay sai, một kẻ thù tàn bạo, gian ác, xảo quyệt Mỹ - Diệm khi vừa tiếp quản chính quyền đã bộc lộ bản chất hiếu chiến, ngày đêm hung hăng lùng sục bắt bớ, giam cầm hàng nghìn cán bộ.

Hội trường Mùa Xuân (Sơn Hòa) nơi diễn ra Đại hội Đảng bộ tỉnh Phú Yên lần thứ 5 vào tháng 9/1973 - Ảnh: D.T.XUÂN

Chúng không từ những thủ đoạn hèn hạ là lén lút bí mật thủ tiêu, lưu đày biệt xứ những người kháng chiến cũ và quần chúng yêu nước. Vụ thảm sát đẫm máu đồng bào ta ở Ngân Sơn, Chí Thạnh là một minh chứng đầy tội ác của kẻ thù. Mỹ - Diệm phát động đợt “tố cộng, diệt cộng” khắp nơi tấn công các cơ sở Đảng nhằm tiêu diệt Đảng Cộng sản và phong trào cách mạng của quần chúng. Từ đấu tranh vũ trang chuyển sang đấu tranh chính trị, tổ chức đảng và những người cộng sản phải rút vào hoạt động bí mật từ đó.

Một bộ phận thường vụ Tỉnh ủy phụ trách công tác chuyển quân đi tập kết của tỉnh đóng ở Quy Nhơn (Bình Định); một bộ phận thường vụ Tỉnh ủy ở lại vùng địch chỉ đạo phong trào do đồng chí Lê Đài - Bí thư Tỉnh ủy Phú Yên phụ trách. Cơ quan Tỉnh ủy đóng ở xóm Lớn thuộc thôn Vĩnh Xuân (vùng 1), xã An Lĩnh (Tuy An). Cuối tháng 9/1954, địch ra sức truy lùng vây ráp, bắt cán bộ, đảng viên. Cơ quan Tỉnh ủy không thể ở được ở xã An Lĩnh mà phải chuyển lên xóm nhà ông Chưởng ở thôn Trung Trinh, xã Sơn Long (Sơn Hòa). Nhiệm vụ lúc này là đi móc nối liên lạc với các đồng chí lãnh đạo ở huyện Tuy Hòa 1, Tuy Hòa 2, Tuy An, Đồng Xuân và Sơn Hòa, vừa nắm tình hình, truyền đạt ý kiến chỉ đạo của đồng chí Bí thư Tỉnh ủy.

Để đối phó với âm mưu thủ đoạn thâm độc của kẻ địch, Tỉnh ủy chuyển hướng nhận thức tư tưởng và tổ chức hoạt động trong vùng địch theo nguyên tắc: “Bí mật, thận trọng, khéo che giấu, khéo hoạt động, tránh ồ ạt, bảo đảm an toàn”. Việc ăn ở, đi lại của ta không còn bình thường như trước nữa mà phải thường xuyên di chuyển địa điểm đóng cơ quan, không nhất thiết phải đóng một chỗ nào cố định. Hôm nay ở vùng này, ngày mai ở vùng khác, đi lại phải nhiều đường, nhiều hướng. Cán bộ vùng này không biết cán bộ vùng kia, vì hoạt động theo đơn tuyến, ít hội họp đông người. Khi nghe đồng chí nào chẳng may sa lưới địch thì lập tức phải di chuyển chỗ ở ngay. Đi đến đâu thì phải đào hầm, đào công sự, hầm trú ẩn cá nhân để tránh bom, pháo của địch, bố phòng hầm chông, bãi chông, mìn, chống địch càn. Những vấn đề quan trọng chỉ có đồng chí Bí thư Tỉnh ủy và đồng chí Phó bí thư được biết.

Ngày 28/10/1954, Tỉnh ủy Phú Yên bí mật tổ chức cuộc họp tại trại ông Giáo Tấn ở xã Sơn Định (Sơn Hòa) bị lộ. Song cuộc họp đã kịp thời giải tán. Trong lúc đó 3 đồng chí Phạm Nghị - Bí thư Huyện ủy Tuy An, đồng chí Nguyễn Thanh Hương và đồng chí Lê Chơi liên lạc dẫn đường về họp ở tỉnh bị địch bắt. Chúng bắn chết 3 đồng chí tại truông Bà Viên thuộc thôn Phong Cao, xã Sơn Long.

Cơ quan Tỉnh ủy phải lên bám ở buôn Ma Lào, Ma Lẫm (xã Suối Bạc) vùng đồng bào dân tộc Chăm Hroi, Ba Na. Ở Suối Bạc một thời gian ngắn, ông Chánh Giấy là cơ sở của ta bị địch bắt. Cơ quan Tỉnh ủy phải chuyển lên bám buôn Ma Tho, Ma Tý ở xã Cà Lúi, huyện Miền Tây dựa vào đồng bào dân tộc Gia Rrai, Ê Đê.

Tháng 11/1954, đồng chí Lê Đài - Bí thư Tỉnh ủy và Văn phòng Tỉnh ủy rút ra Diêu Trì (Bình Định) dự cuộc họp do đồng chí Võ Chí Công đại diện khu ủy chủ trì phổ biến tình hình nhiệm vụ và phương châm, phương pháp hoạt động bí mật. Sau cuộc họp, đồng chí Lê Đài cùng với đồng chí Võ Mậu và đồng chí Võ Xuân Vinh - Chánh văn phòng về lại Phú Yên. Cơ quan Tỉnh ủy trụ ở buôn Ma Trôi, Suối Rể, Suối Trưởng, xã Đá Mài ở vùng phía tây huyện Đồng Xuân, nơi mà nhà yêu nước Ba Sự đã chọn làm căn cứ hoạt động. Tỉnh ủy đề ra là: Phát triển cơ sở, phát triển đảng viên, lãnh đạo nhân dân đấu tranh đòi dân sinh, dân chủ.

Ngày 29/12/1955, đồng chí Lê Đài bị địch bắt ở Xuân Lãnh cùng đồng chí Võ Mậu. Tháng 5/1956, Khu ủy quyết định cử đồng chí Nguyễn Hồng Châu (Năm Phổ) làm Bí thư Tỉnh ủy Phú Yên thay đồng chí Lê Đài. Cơ quan Tỉnh ủy chuyển vào trụ sở ở rừng Mò O, buôn Ma Nốc, phía tây thôn Kỳ Lộ. Tỉnh ủy triệu tập cuộc họp nhằm đánh giá tình hình, kiểm điểm rút kinh nghiệm việc thực hiện phương châm, phương pháp công tác và bổ sung một số đồng chí vào Tỉnh ủy.

Năm 1956-1957, cơ quan Tỉnh ủy đóng ở dốc Sặc, rừng Sơn Phước - đường lên Tổng Binh, xã Sơn Hội. Tỉnh ủy chỉ đạo nhân dân vạch trần âm mưu, thủ đoạn của chính quyền Ngô Đình Diệm, tẩy chay cuộc bầu cử bù nhìn. Năm 1958-1959, cơ quan Tỉnh ủy chuyển lên đóng ở suối Cà Tơn. Tỉnh ủy chủ trương đẩy mạnh phong trào diệt ác, trừ gian, phá kiềm ở đồng bằng. Tỉnh ủy quyết định diệt tên ác ôn khét tiếng gian ác là Nguyễn Cường (Thống Cường) ở xã Xuân Phước. Sau khi diệt tên Nguyễn Cường thì hệ thống tề ngụy trong tỉnh hoang mang, giao động, một số bỏ việc, một số nằm im không dám hoạt động.

Tháng 9/1960, Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ nhất tổ chức tại Thồ Lồ. Đại hội quán triệt Nghị quyết 15 và bầu Ban chấp hành Tỉnh ủy mới để lãnh đạo quân và dân trong tỉnh đứng lên khởi nghĩa giành chính quyền về tay nhân dân. Đồng chí Mai Dương được Khu ủy Khu 5 chỉ định làm Bí thư Tỉnh ủy Phú Yên thay cho đồng chí Nguyễn Hồng Châu đi nhận công tác khác, đồng chí Trần Suyền - Phó bí thư Tỉnh ủy.

Cơ quan Tỉnh ủy chuyển xuống đứng chân ở Vực Dứa giáp ranh với thôn Phú Giang. Một thời gian thì địa điểm bị lộ, Khu ủy Khu 5 điện báo phải chuyển gấp. Cơ quan chuyển vào rừng già Phước Tân. Cơ quan ở sâu trong rừng già để giữ bí mật. Cán bộ ở ngoài làng bám đồng bào dân tộc, vừa bố phòng chống địch càn, vừa sản xuất tự túc. Ngày 1/2/1961, một đại đội địch từ chi khu La Hai (Đồng Xuân) xuyên rừng lên xã Phước Tân định đánh úp vào cơ quan, gặp bộ phận bảo vệ, chúng nã súng bắn chết một số đồng chí. Cơ quan Tỉnh ủy kịp thời phân tán vào sâu trong rừng. Khi địch rút, cơ quan trở lại bám hang đá của Làng Gộp. Tháng 4/1961, đồng chí Trần Suyền được Khu ủy quyết định làm Bí thư thay đồng chí Mai Dương về Khu 5 và đồng chí Lương Công Huề là Phó bí thư. Ngày 31/10/1961, đồng chí Trần Suyền và các đồng chí trong Ban Thường vụ Tỉnh ủy tiếp đón đồng chí Nguyễn Hữu Thọ trong một lán trại nhỏ, lợp lá kè và sạp được bện bằng cây rừng. Đó là cơ quan Tỉnh ủy Phú Yên tại hang đá Làng Gộp. Năm 1962-1963, cơ quan Tỉnh ủy đứng chân ở rừng Mò O, Suối Trưởng. Các cơ quan dân chính đảng ở Đồng Xe, Suối Cối, Kỳ Lộ. Lực lượng vũ trang đứng ở Sơn Định, Sơn Xuân, Sơn Long.

Ngày 10/1/1964, khu dồn dân Hòn Lúp bị phá, đại đội bảo an chốt ở Hòn Lúp tháo chạy về Củng Sơn. Cơ quan Tỉnh ủy từ rừng Mò O, Suối Trưởng chuyển vào Dốc Lau, thôn Vân Hòa, xã Sơn Long. Tỉnh ủy quyết định triệu tập Đại hội Đảng bộ lần thứ 2 (từ ngày 8 đến 15/1/1965), Thường vụ Khu ủy Khu 5 cử đồng chí Nguyễn Phụng Minh về làm Bí thư Tỉnh ủy, đồng chí Hà Phùng làm Phó bí thư Tỉnh ủy.

Mùa khô lần thứ 2 (1966-1967) địch đánh phá ra các huyện miền núi phía bắc: Tuy An, Đồng Xuân, Sông Cầu và 2 huyện Sơn Hòa, Miền Tây. Tình hình chiến trường rất phức tạp. Cơ quan đầu não của tỉnh liên tục di chuyển ra các thôn Phong Thái (vùng 4), xã An Lĩnh; thôn Mỹ Long, xã An Dân; rừng Mò O, xã Xuân Quang. Tháng 7/1967, cơ quan Tỉnh ủy chuyển vào đóng ở Suối Phẩn (xã Hòa Mỹ)  để tránh càn và chỉ đạo đánh địch. Lúc này ngoài kẻ thù còn phải chống đói cơm, lạt muối, thuốc chữa bệnh. Hằng ngày, cán bộ chiến sĩ chống cái đói bằng bữa cháo, bữa sắn, có lúc 2-3 ngày liền ăn rau rừng trừ bữa.

Tỉnh ủy tổ chức cuộc họp mở rộng tại Suối Phẩn để nghiên cứu Nghị quyết Khu ủy về cao trào khởi nghĩa. Vì cơ quan tỉnh ở đây không tiện cho việc chỉ đạo chung nên quyết định cuối tháng 1/1967 trở về lại Vân Hòa cùng A9 chỉ đạo chiến dịch Tổng tiến công và nổi dậy Xuân Mậu Thân 1968. Kết thúc chiến dịch Xuân Mậu Thân, cơ quan Tỉnh ủy chuẩn bị Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ 3 tại rừng Mò O (từ ngày 5 đến 11/12/1968).

Mục tiêu đề ra:  Đánh bại âm mưu chiến lược “Việt Nam hóa chiến tranh”, chú trọng công tác xây dựng Đảng về tổ chức, chính trị tư tưởng và bầu Ban chấp hành Tỉnh ủy do đồng chí Trần Suyền làm Bí thư, đồng chí Công Minh và đồng chí Văn Công làm Phó bí thư Tỉnh ủy.

Đầu năm 1969, cơ quan Tỉnh ủy về đóng ở Hòn Vung, tây nam Hòn Lúp. Ở được một thời gian, máy bay trinh sát của địch phát hiện chỗ ở, chỉ điểm cho từng tốp máy bay phản lực đến ném bom, bắn phá dữ dội. Nhà Bí thư Tỉnh ủy, hầm kèo, hầm trú ẩn đều bị phá sập.

Cơ quan Tỉnh ủy kịp thời phân tán, di chuyển vào suối Cái, xã Sơn Xuân. Và chỉ trong vòng một tuần lễ, máy bay phản lực lại đến ném bom, máy bay cánh quạt đến đứng tại chỗ quạt trốc lá, trốc cây, lán trại, nhà ở, hầm hố lộ ra. Chúng ném lựu đạn xuống các hầm kèo của tổ điện đài, cơ yếu, hầm trú ẩn cá nhân. Cây cối ở khu rừng xơ xác tiêu điều. Máy bay ném bom bắn phá dọn đường cho máy bay hai chong chóng (lúc này thường gọi là máy bay sâu róm) đổ quân xuống đồng Tăng Gia sục sạo, tìm kiếm nhưng không phát hiện được gì. Ngày hôm sau, chúng rút quân. Khi địch đổ quân, cơ quan Tỉnh ủy lên gộp Ma Lào, Ma Lẫm. Khi địch rút, cơ quan trở lại Hòn Vung, dựa vào cơ sở sản xuất của văn phòng và đơn vị vũ trang bảo vệ Tỉnh ủy để sống.

Cơ quan Ủy ban nhân dân cách mạng tỉnh ở Hòn Giang bị địch bắn phá, phải di chuyển lên buôn Ma Lăng, Suối Ché, huyện Miền Tây để chuẩn bị Đại hội chiến sĩ thi đua Công - Nông - Binh của tỉnh và chỉ đạo các huyện, thị xã tiến hành bầu Ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời.

Năm 1971, cơ quan Tỉnh ủy chuyển lên rừng Mò O chuẩn bị Đại hội Đảng bộ lần thứ 4.

Đại hội quyết tâm đánh bại kế hoạch “bình định nông thôn”, “bình định cấp tốc”, giành dân lấn đất của địch và bầu Ban chấp hành Tỉnh ủy. Đồng chí Trần Suyền được bầu làm Bí thư Tỉnh ủy, đồng chí Nguyễn Duy Luân và đồng chí Hoài Nam - Phó bí thư Tỉnh ủy. Sau Đại hội Đảng bộ tỉnh, cơ quan Tỉnh ủy chuyển về ở và làm việc tại Hòn Vung.

Năm 1972, địch càn ở Ma Lào, Ma Lẫm, Hòn Lúp, cơ quan Tỉnh ủy chuyển ra Dốc Lách - còn gọi là Suối Ngổ, giáp ranh giữa 3 thôn của 3 xã: thôn Trung Trinh (xã Sơn Long), thôn Hòa Nghĩa (xã Sơn Định), thôn Xuân Thành (xã An Xuân). Địch rút, cơ quan về lại Hòn Vung.

Hiệp định Paris ký kết tháng 1/1973. Tháng 2/1972, cơ quan Tỉnh ủy ở Hòn Vung chuyển lên đóng ở Vườn Thơm Trần Thành thuộc thôn Phong Cao, xã Sơn Long (Sơn Hòa), trụ ở địa điểm này cho đến khi tỉnh nhà hoàn toàn giải phóng ngày 1/4/1975.

Tháng 7/1973, cơ quan Ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời tỉnh chuyển xuống đóng ở Bình Điền, thôn Vân Hòa. Thời gian cơ quan tỉnh đóng ở đây đã diễn ra sự kiện quan trọng: Đại hội Đảng bộ tỉnh lần thứ 5 (tháng 9/1973) tại hội trường Mùa Xuân. Nội dung hội nghị đề ra phương hướng, nhiệm vụ trong tình hình mới và bầu Ban chấp hành Tỉnh ủy do đồng chí Nguyễn Duy Luân làm Bí thư Tỉnh ủy, đồng chí Cao Kỳ Trí làm Phó bí thư Tỉnh ủy.

Ngày 1/4/1975, giải phóng Phú Yên, cơ quan Tỉnh ủy chuyển xuống đóng và làm việc tại nhà ông Đặng Ca, thôn Ninh Tịnh, xã Bình Kiến.

Ngày 10/4/1975, cơ quan Ủy ban nhân dân cách mạng lâm thời tỉnh Phú Yên chuyển xuống làm việc tại thôn Ninh Tịnh.

Ngày 30/4/1975, giải phóng hoàn toàn miền Nam, cơ quan Tỉnh ủy chuyển vào thị xã làm việc ở số nhà 202 (đại lý hàng không Việt Nam của ngụy) đường Trần Hưng Đạo.