Thực hiện chương trình trồng mới 5 triệu ha rừng, từ năm 1999 – 2005, Phú Yên đã giao khoán bảo vệ 165.915,8 ha rừng, khoanh nuôi, xúc tiến tái sinh 9.220 ha, trồng mới 17.730 ha rừng tập trung và 14,2 triệu cây phân tán, chăm sóc hơn 43.000 ha rừng trồng qua các năm; diện tích đất lâm nghiệp đã giao cho các tổ chức, cá nhân theo Nghị định 163 của Chính phủ là 130.140 ha và xây dựng một số cơ sở hạ tầng thiết yếu để phục vụ cho vùng Dự án...
Tổng kinh phí thực hiện trong giai đoạn này là 106 tỷ đồng. Đến nay, che phủ rừng đã được nâng từ 32,2% (năm 1999) lên 36%, góp phần cải tạo đất, hạn chế xói mòn, nâng cao mạch nước ngầm thông qua việc điều tiết nước của rừng, hạn chế lũ lụt; Riêng rừng phòng hộ ven biển.
Khoa Thy
