Theo Sở Y tế, y tế cơ sở được phát triển rộng khắp, tạo điều kiện thuận lợi để người dân tiếp cận các dịch vụ y tế.
Hiện 110/112 xã, phường, thị trấn có nhà trạm (chiếm 98,2%); 73/112 trạm y tế xã có bác sĩ (chiếm 65,2%); 100% trạm y tế xã có nữ hộ sinh hoặc y sĩ sản nhi; 100% thôn, tổ dân phố có nhân viên y tế hoạt động. Đặc biệt, toàn tỉnh có 56 xã đạt chuẩn quốc gia về y tế theo Quyết định 4667 của Bộ Y tế (chiếm 50%), đạt chỉ tiêu đề ra. Năm 2016, ngành Y tế Phú Yên xác định tiếp tục củng cố và phát triển mạng lưới y tế cơ sở theo hướng chuyên nghiệp, hiện đại.
D.THU