Giai đoạn 2 của chương trình nước sạch và vệ sinh môi trường được tổ chức DANIDA (Đan Mạch) và cơ quan hợp tác phát triển Australia (AusAID) hỗ trợ được triển khai tại 9 tỉnh trên cả nước, trong đó có Phú Yên.

Chương trình này được thực hiện trong vòng 2 năm, từ tháng 10-2006 đến 10-2008. Các phương thức hỗ trợ mà các tổ chức trên thực hiện là hỗ trợ kinh phí trực tiếp và hỗ trợ kỹ thuật đối với chương trình mục tiêu quốc gia về vệ sinh môi trường và cung cấp nước sạch sinh hoạt cho người dân vùng nông thôn, miền núi. Phú Yên cũng đã triển khai giai đoạn một của chương trình này.