Qua kiểm tra của các cơ quan chức năng cho thấy, phần lớn các dự án đầu tư do Sở Thuỷ sản hoặc các đơn vị tư vấn lập, hầu hết đều theo một khuôn mẫu sẵn có, sao chép giống nhau cả về chỉ tiêu lẫn hiệu quả. Trong khi những thủ tục tối cần thiết như: giấy phép hành nghề, kiến của Sở Thuỷ sản, báo cáo thẩm định của Sở Kế hoạch - Đầu tư cũng không có.

Cơ quan chức năng nhận định: Từ việc giải ngân và thanh toán tiền của các tổ chức cho vay không chặt chẽ, không đầy đủ các thủ tục theo quy định dẫn tới việc nhiều chủ dự án đã thoả thuận, thông đồng với các cơ sở đóng tàu, cơ sở bán ngư cụ để lập khống hợp đồng, hoặc lập 2 hợp đồng có giá trị khác nhau nhằm rút tiền dự án. Cụ thể, nhiều trường hợp thảo thuận thay đổi kích thước tầu, “rút ruột” của dự án từ 15 - 19% số tiền vay đóng tàu. Không dừng lại ở đó, nhiều chủ dự án còn cả gan rút tiền mặt về nhưng không nhập quỹ mà bỏ ngoài sổ sách, chi tiêu trái nguyên tắc hàng trăm triệu đồng. Trong khi đó, các đơn vị cho vay không kiểm tra, rà soát các điều kiện, thủ tục, hồ sơ trước khi giải ngân, dẫn đến nhiều trường hợp cho vay quá dự toán.