Trả lời công văn số 25/TT-DN của Doanh nghiệp tư nhân Thành Ý về thời gian ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN), Cục Thuế Phú Yên có công văn số 1548 CT/TT- HT ngày 16/9/2008 như sau:
Tại tiết 1.5, điểm 7 Thông tư số 88/2004/TT-BTC ngày 1/9/2004 sửa đổi bổ sung Thông tư số 128/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN quy định: “Năm miễn thuế, giảm thuế được xác định phù hợp với kỳ tính thuế. Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục kể từ kỳ tính thuế cơ sở kinh doanh bắt đầu có thu nhập chịu thuế (chưa trừ số lỗ các kỳ tính thuế trước chuyển sang). Trường hợp, kỳ tính thuế đầu tiên cơ sở kinh doanh đã có thu nhập chịu thuế, nhưng thời gian hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chưa đến 12 tháng thì cơ sở kinh doanh có quyền đăng ký với cơ quan thuế tính thời gian miễn thuế, giảm thuế ngay kỳ tính thuế đầu tiên đó hoặc tính từ kỳ tính thuế tiếp theo.”
Căn cứ quy định trên, trường hợp Doanh nghiệp tư nhân Thành Ý chính thức đi vào hoạt động ngày 28/2/2006 nếu doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện về ưu đãi thuế đối với doanh nghiệp mới thành lập theo quy định, đã kê khai quyết toán thuế TNDN năm 2006 và đã nộp đầy đủ số thuế TNDN năm 2006. Doanh nghiệp không xác định miễn giảm thuế ngay từ kỳ tính thuế đầu tiên này, do đó doanh nghiệp được lựa chọn đăng ký thời gian bắt đầu được hưởng ưu đãi miễn giảm thuế TNDN từ kỳ tính thuế năm 2007. Việc xét miễn giảm thuế TNDN được tính theo năm quyết toán thuế, không tính theo 12 tháng nên doanh nghiệp được miễn thuế TNDN 2 năm (năm 2007 và 2008) và giảm 50% số thuế phải nộp cho 6 năm tiếp theo (từ năm 2009 đến năm 2014). Đối với số tiền thuế TNDN doanh nghiệp đã nộp thừa sẽ được khấu trừ vào các kỳ nộp thuế TNDN tiếp theo (nếu có).
Trả lời công văn số 79/CCT ngày 09/9/2008 của Chi cục Thuế huyện Phú Hoà về việc xác định thu nhập miễn thuế thuế TNDN đối với hợp tác xã, Cục Thuế có công văn số 1521/CT-THDT ngày 11/9/2008 như sau:
Tại điểm 4.a mục IV phần E Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/2/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp, hướng dẫn “Miễn thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hợp tác xã có mức thu nhập bình quân tháng trong năm của mỗi người lao động dưới mức lương tối thiểu do Nhà nước quy định đối với công chức Nhà nước”.
Theo hướng dẫn trên thì số lao động để làm căn cứ miễn thuế là số lao động trực tiếp tham gia sản xuất kinh doanh trong HTX (bao gồm cả cán bộ hợp đồng và xã viên trực tiếp lao động) không tính số lượng xã viên góp vốn nhưng không trực tiếp tham gia sản xuất kinh doanh.
Thời điểm xác định mức thu nhập để miễn thuế TNDN đối với trường hợp trên là thời điểm quyết toán thuế năm.
