Theo Sở TN-MT, tổng số vị trí quan trắc môi trường toàn tỉnh là 226 vị trí (tăng 71 vị trí so với năm 2018) đạt 78% so với Quy hoạch mạng lưới quan trắc môi trường tỉnh.
Các điểm được quan trắc gồm 34 vị trí quan trắc môi trường nước dưới đất; 59 vị trí quan trắc môi trường nước mặt lục địa; 17 vị trí quan trắc môi trường đất; 54 vị trí quan trắc nước biển ven bờ; 59 vị trí quan trắc môi trường không khí xung quanh. Đây là những vị trí quan trắc theo quy hoạch.
Ngoài các điểm quy hoạch này, Sở TN-MT đã quan trắc bổ sung thêm 3 vị trí môi trường trầm tích nhằm đánh giá diễn biến chất lượng môi trường đầm, vịnh. Hoạt động quan trắc môi trường này được Trung tâm Quan trắc môi trường tỉnh (thuộc Sở TN-MT) thực hiện với tần suất 3 lần/năm, mỗi năm tăng dần về số điểm và tần suất quan trắc.
Trung tâm Quan trắc môi trường tỉnh đã được Bộ TN-MT chứng nhận đủ điều kiện hoạt động dịch vụ quan trắc môi trường. Đây là điều kiện đáp ứng lâu dài việc theo dõi, giám sát, đánh giá chất lượng môi trường trong thời kỳ đổi mới và phát triển kinh tế - xã hội của tỉnh cũng như thực hiện đề án Nâng cao năng lực quan trắc môi trường tỉnh Phú Yên giai đoạn 2019-2020, định hướng đến năm 2025 theo Quyết định 2190/QĐ-UBND ngày 30/12/2019 của UBND tỉnh.
BẠCH VÂN