Năm 1578, chúa Tiên Nguyễn Hoàng cử Trấn biên quan Lương Văn Chánh đưa dân khai khẩn vùng đất Bà Đài (lưu vực sông Cái - huyện Đồng Xuân, huyện Tuy An, TX Sông Cầu ngày nay) và Đà Diễn (hạ lưu sông Ba - huyện Tuy Hòa, huyện Đông Hòa, huyện Phú Hòa, TP Tuy Hòa ngày nay).
Sau 33 năm xây dựng, hình thành làng mạc, năm 1611, chúa Nguyễn Hoàng chính thức lập phủ Phú Yên gồm hai huyện Đồng Xuân (bắc sông Đà Rằng) và Tuy Hòa (nam sông Đà Rằng).
Năm 1629, chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên nâng cấp phủ Phú Yên thành dinh Trấn Biên (đơn vị hành chính cấp tỉnh). Quan trấn thủ dinh Trấn Biên (Phú Yên) Nguyễn Phúc Vinh xây dựng thủ phủ (tỉnh lỵ) ở hạ lưu sông Cái (dân gian gọi là Thành Cũ nay thuộc thôn Hội Phú, xã An Ninh Đông, huyện Tuy An).
Công chúa Ngọc Liên (trưởng nữ của chúa Sãi Nguyễn Phúc Nguyên) - vợ của quan trấn thủ dinh Trấn Biên Nguyễn Phúc Vinh - là tín đồ Thiên Chúa giáo với tên thánh là Maria Madelena đã xây dựng một nhà nguyện trong dinh Trấn Biên. Nhà nguyện này từng long trọng đón tiếp giáo sĩ Đắc Lộ (Alexandre de Rhodes) - tên Việt là Cố Tràng, một trong những người có công lớn trong việc sáng tạo và hoàn thiện chữ quốc ngữ đã đến Phú Yên truyền giáo năm 1641 và là thầy của thánh Andre Phú Yên - vị thánh tử vì đạo duy nhất của Giáo hội Thiên Chúa giáo Việt Nam.
Năm 1653, Đắc Lộ cho in tại Roma bức địa đồ về vùng đất Phú Yên với địa danh “Dinh Phoan”. Phòng truyền thống của nhà thờ còn lưu giữ nhiều tư liệu xưa như sa bàn đắp nối cả vùng Trấn Biên cùng nhiều hiện vật thu nhặt được của dinh Trấn Biên chìm dưới lòng sông Cái như mảnh tường thành, chén bát sành nâu, chén sứ men lam… Dinh Trấn Biên (sau đổi tên là dinh Phú Yên) - thủ phủ tỉnh Phú Yên tồn tại từ năm 1629-1832. Đó là năm Minh Mạng thứ 13, nhà vua chia lại các đơn vị hành chính trong cả nước. Phú Yên là đơn vị hành chính cấp tỉnh. Tỉnh đường dời về thôn Long Uyên (nay là xã An Dân, huyện Tuy An). Đến thời vua Duy Tân, thôn Long Uyên tách thành hai thôn là Long Uyên và An Thổ, nên được gọi là thành An Thổ.
Theo Đại Nam nhất thống chí: “Thành An Thổ được xây dựng theo kiến trúc Vauban… Thành An Thổ hình vuông mỗi cạnh khoảng 300m, cao trên 4m (sách ghi 66 trượng, 6 thước), tường thành được đắp bằng đất đá vôi. Đường trên mặt thành rộng 3m, tiện cho cơ động phòng thủ. Thành có 4 cửa: tiền, hậu, tả, hữu: phía ngoài mỗi cửa có miếu thờ thổ thần. Gần cửa tả ăn thông ra sông Cái và cửa biển Tiên Châu. Cổng thành xây theo kiểu “cuốn tổ tò vò” có 3 tầng. Tầng trên cùng là đài quan sát, tầng giữa thông với mặt thành làm đường di chuyển, tầng dưới rộng hơn 10m làm đường ra vào. Xung quanh thành cách khoảng 40m có chiến hào rất sâu và rộng từ 15-20m, trên bờ thành rào tre và phòng thủ bằng chông.
Ngoài hệ thống phòng thủ gần thành An Thổ còn có hệ thống phòng thủ từ xa hỗ trợ như An Man, Tiên Châu và Mằng Lăng. Về mặt quân sự, thành An Thổ khá kiên cố. Là tỉnh đường, thành An Thổ có trường học và trụ sở làm việc của bộ máy công quyền. Gần thành An Thổ, triều Nguyễn xây dựng đền thờ Lê Thánh Tôn ở thôn Long Uyên để ghi nhớ công lao đức vua trong sự nghiệp mở nước vào phương Nam. Gần đấy là Văn miếu Hội Tín (Ngân Sơn), thờ những vị đỗ thành danh ở địa phương.
Sau khi đàn áp phong trào Cần Vương tại Phú Yên do Lê Thành Phương lãnh đạo, thực dân Pháp xây dựng Tòa công sứ ở Tân Thạnh (Vũng Lấm - Sông Cầu). Năm 1888, thực dân Pháp buộc Nam Triều phải dời tỉnh lỵ ra Vũng Lấm. Một năm sau (1889), Tòa công sứ Pháp chuyển ra Sông Cầu, tỉnh lỵ Phú Yên chuyển về thành An Thổ. Đến năm 1899 thì tỉnh lỵ Phú Yên mới dời ra Sông Cầu gần Tòa công sứ Pháp ở khu vực Long Bình, Sông Cầu đóng vai trò là tỉnh lỵ Phú Yên từ năm 1899 đến cuối năm 1945 thì dời vào Tuy Hòa.
Trong phong trào Tây Sơn dựng nghiệp, triều Tây Sơn đã xây dựng vịnh Xuân Đài và cửa biển Tiên Châu thành căn cứ thủy quân. Trong cuộc tương tranh giữa nhà Tây Sơn và chúa Nguyễn Ánh, Phú Yên là chiến trường đỏ lửa. Trên bộ, nhà Tây Sơn đắp hàng loạt bảo (đồn đắp bằng đất), nổi tiếng nhất là bảo La Thai (La Hai).
Đường thiên lý xưa từ Cù Mông vào đến núi Chóp Chài, chuyển lên phía tây men rìa núi Trường Sơn (Hòa Quang, Hòa Định) vượt sông Ba sang Hòa Mỹ rồi vượt dốc Mõ vào Nam. Con đường Nam tiến từ dinh Trấn Biên Phú Yên kéo dài đến cuối trời Nam đất nước.
Sau khi lên ngôi năm 1802, vua Gia Long chính thức chỉnh sửa đường thiên lý. Từ kinh đô Huế, đường thiên lý vào Nam qua tỉnh Phú Yên từ đèo Cù Mông đến đèo Cả có 7 trạm chính, mỗi trạm cách nhau khoảng 30 dặm (một dặm dài 0,5km). Sách khâm định Đại Nam Hội điển sự lệ của Nội các triều Nguyễn ghi 7 trạm giao thông liên lạc của tỉnh Phú Yên được lập từ thời Gia Long gồm trạm Bình Phú (nằm trên đèo Cù Mông), trạm Phú Khê (đặt ở thôn Bình Thành, xã Xuân Lộc), trạm Phú Tân (xã An Cư), trạm Phú Vinh (thôn Phú Vang, xã Bình Kiến), trạm Phú Thịnh (thôn Trường Thịnh, xã Hòa Vinh - nay là thị trấn Hòa Vinh), trạm Phú Hòa (đặt trên đỉnh đèo Cả). Bên cạnh đường thiên lý, triều Nguyễn xây dựng đường quan báo nối tỉnh lỵ với các phủ, huyện bằng một hệ thống dịch trạm.
Đầu thế kỷ XX, người Pháp xây dựng quốc lộ 1 trên cơ sở đường thiên lý. Trong phạm vi tỉnh Phú Yên, đại bộ phận quốc lộ 1 được xây dựng trên con đường thiên lý (ngoại trừ đoạn từ Lệ Uyên đến Bình Thạnh và từ Xuân Thọ đến An Cư).
Về đường thủy, sách Đại Nam nhất thống chí ghi rõ Phú Yên có 6 hải khẩu (cửa biển), đó là các cảng biển Cù Mông hải khẩu, Vũng Lấm hải khẩu, Xuân Đài hải khẩu, Phú Sơn hải khẩu (cửa biển của đầm Ô Loan), Đà Diễn hải khẩu, Đà Nông hải khẩu.
Năm 1928, người Pháp thiết kế và thi công tuyến đường sắt xuyên Việt qua địa phận Phú Yên dài 100km. Do địa hình phức tạp nên việc thiết kế rất khó khăn. Đường sắt xuyên Việt qua Phú Yên phải qua cầu La Hai, cầu Đà Rằng (dài nhất miền Nam), một số cầu nhỏ và chui qua 7 hầm ở đèo Cả, một hầm ở đèo Thị.
Ngày 2/9/1936, vua Bảo Đại chủ trì lễ khánh thành tuyến đường sắt xuyên Việt nối ray cuối cùng tại ga Hảo Sơn, mở ra lịch sử giao thông xuyên Việt bằng đường sắt.
Từ năm 1924, người Pháp khởi công xây dựng đập Đồng Cam và khánh thành vào năm 1932. Cùng thời gian này, người Pháp xây dựng Nhà máy đường Đồng Bò (một trong ba nhà máy đường lớn nhất Đông Dương: Vạn Điểm - Đồng Bò - La Ngà).
Cảng Vũng Lấm và vịnh Xuân Đài ở tỉnh lỵ Sông Cầu là nơi giao thương sầm uất trong nước và quốc tế. Đối với phủ lỵ Tuy Hòa, người Pháp xây dựng xưởng rượu Xi-Ca, bungalow, sân bay Chóp Chài… Nam Triều xây dựng Văn miếu Tuy Hòa ở thôn Cẩm Sơn, làng Hà Bình tổng Hòa Bình (nay là thôn Cẩm Sơn, xã Hòa Quang Bắc, huyện Phú Hòa)…
Sau Cách mạng Tháng Tám, hưởng ứng phong trào tiêu thổ kháng chiến để ngăn chặn quân Pháp tiến đánh vùng tự do Phú Yên, nhiều công trình xây dựng ở tỉnh lỵ cũ Sông Cầu và tỉnh lỵ mới Tuy Hòa bị phá hủy. Sau Hiệp định Giơ-ne-vơ, chính quyền Sài Gòn xây dựng Tuy Hòa là tỉnh lỵ (gọi là xã Châu Thành).
Từ năm 1965, người Mỹ xây dựng căn cứ liên hợp quân sự Vũng Rô - Đông Tác (bao gồm cảng Vũng Rô, sân bay Đông Tác và đường ống dẫn dầu từ cảng Vũng Rô về sân bay Đông Tác). Năm 1971, chính quyền Sài Gòn khánh thành cầu đường bộ Đà Rằng (trước đó đường sắt và đường bộ đi chung).
Đó là một số công trình tiêu biểu trong tiến trình lịch sử tỉnh Phú Yên từ khi có tên trên bản đồ đất nước (1611) đến ngày giải phóng Phú Yên 1/4/1975.
PHAN THANH BÌNH
