Để hướng dẫn việc thi hành Luật Quản lý thuế, cụ thể là việc đăng ký thuế, ngày 18 tháng 7 năm 2007, Bộ Tài chính đã ra Thông tư số 85/2007/TT-BTC thay thế Thông tư số 10/2006/TT-BTC ngày 14 tháng 02 năm 2006 của Bộ Tài chính.
Theo đó, Tổng cục Thuế là cơ quan nhà nước có trách nhiệm quản lý về đăng ký thuế và cấp mã số thuế. Các tổ chức, hộ gia đình, cá nhân có hoạt động sản xuất, kinh doanh và cung cấp dịch vụ, hàng hoá; công dân Việt Nam ở trong nước hoặc đi công tác, lao động ở nước ngoài và người nước ngoài làm việc tại Việt Nam có thu nhập thuộc diện chịu thuế thu nhập cá nhân; tổ chức có trách nhiệm khấu trừ và nộp thay thuế; tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh nhưng không hiện diện tại Việt Nam và có thu nhập phát sinh tại Việt Nam... đều phải nộp thuế và được cấp một mã số thuế.
Mỗi người nộp thuế chỉ được cấp một mã số thuế duy nhất để sử dụng trong suốt quá trình hoạt động từ khi đăng ký thuế cho đến khi không còn tồn tại. Mã số thuế được dùng để kê khai nộp thuế cho tất cả các loại thuế mà người nộp thuế phải nộp, kể cả trường hợp người nộp thuế kinh doanh nhiều ngành nghề khác nhau hoặc hoạt động sản xuất kinh doanh tại các địa bàn khác nhau.
Mã số thuế của chủ doanh nghiệp tư nhân, chủ hộ kinh doanh hoặc một cá nhân không thay đổi trong suốt cuộc đời của cá nhân đó, kể cả trường hợp đã ngừng hoạt động kinh doanh sau đó kinh doanh trở lại.
Người nộp thuế đều được cấp mã số thuế 10 số, trừ các trường hợp là các chi nhánh, văn phòng đại diện, cửa hàng, nhà máy của các doanh nghiệp có hoạt động kinh doanh và kê khai nộp thuế trực tiếp với cơ quan thuế; đơn vị thành viên hạch toán phụ thuộc với tổng công ty; nhà thầu tham gia hợp đồng tìm kiếm, thăm dò và khai thác dầu khí; nhà thầu, nhà thầu phụ không trực tiếp nộp thuế với cơ quan thuế; xã viên hợp tác xã, các cá nhân, nhóm cá nhân thuộc các tổ chức kinh tế kinh doanh theo phương thức nhận khoán, tự chịu trách nhiệm về kết quả kinh doanh và nộp thuế trực tiếp với cơ quan Thuế... sẽ được cấp mã số thuế 13 số.
Đối tượng thuộc diện đăng ký thuế phải đăng ký thuế theo mẫu quy định với cơ quan thuế, trong thời hạn 10 ngày làm việc, kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy chứng nhận đầu tư hoặc Ngày bắt đầu hoạt động kinh doanh nếu đơn vị đó không có giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh... Cơ quan thuế có trách nhiệm cấp chứng nhận đăng ký thuế chậm nhất không quá 5 ngày làm việc đối với các hồ sơ đăng ký thuế nộp trực tiếp tại các cục thuế và 10 ngày đối với hồ sơ nộp trực tiếp tại các chi cục thuế, tính từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ đăng ký thuế.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định cụ thể cho từng hồ sơ đăng ký thuế đối với người nộp thuế là tổ chức kinh doanh, đơn vị trực thuộc của tổ chức kinh doanh là cá nhân, nhóm cá nhân, hộ kinh doanh; là nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp nộp thuế tại Việt Nam hay đối với van điều hành dự án thực hiện hợp đồng của nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp nộp thuế tại Việt Nam, nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài, bên nước ngoài tham gia hợp đồng, hợp tác kinh doanh, kê khai, nộp thuế thông qua bên Việt Nam, cá nhân nộp thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao...
Riêng tổ chức, cá nhân thu phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước phải có thêm tờ khai đăng ký thu phí, lệ phí. Đơn vị thu phí, lệ phí được cấp một mã số thuế để dùng chung cho việc kê khai nộp phí, lệ phí và kê khai nộp thuế đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ (nếu có).
Khi mất giấy chứng nhận đăng ký thuế, người nộp thuế phải kê khai với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý để được cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế. Trong trường hợp chỉ tiêu trên giấy chứng nhận đăng ký thuế thay đổi, giấy chứng nhận đăng ký thuế bị rách, nát, hỏng… sẽ được cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế.
Người nộp thuế nếu có thay đổi thông tin đăng ký thuế thì trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát sinh sự thay đổi thông tin hoặc trước khi chấm dứt toàn bộ các hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế, phải có trách nhiệm thông báo bổ sung với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Sau 5 ngày kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ kê khai bổ sung của cơ sở kinh doanh, cơ quan Thuế cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế cho cơ sở kinh doanh theo tên mới, với mã số thuế đã được cấp trước đây, đồng thời thu hồi giấy chứng nhận đăng ký thuế cũ.
Trường hợp chuyển địa điểm kinh doanh, người nộp thuế phải khai báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để làm thủ tục chuyển địa điểm. Mọi trường hợp thay đổi địa điểm kinh doanh đều không thay đổi mã số thuế.
Thông tư cũng quy định trách nhiệm của người nộp thuế, cơ quan thuế, cơ quan hải quan và kho bạc Nhà nước… trong đó nhấn mạnh người nộp thuế phải sử dụng mã số thuế để thực hiện các thủ tục kê khai và nộp thuế, phí, lệ phí với cơ quan Thuế và thực hiện thủ tục kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan. Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu phải xuất trình “giấy chứng nhận đăng ký thuế” khi làm các thủ tục khai báo xuất nhập khẩu với cơ quan hải quan và phải ghi mã số thuế trên các giấy tờ giao dịch; phải sử dụng mã số thuế khi mở tài khoản tiền gửi tại ngân hàng hoặc tổ chức tín dụng khác. Nghiêm cấm việc cho mượn, tẩy xoá, huỷ hoại hoặc làm giả giấy chứng nhận.
Người nộp thuế vi phạm về đăng ký thuế và sử dụng sai mã số thuế sẽ bị xử phạt đối với các hành vi vi phạm về kê khai đăng ký thuế, kê khai thủ tục hải quan đã quy định tại các Luật thuế, Luật Hải quan và các văn bản pháp quy về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hải quan.
Bên cạnh đó, Thông tư cũng quy định cụ thể cho từng hồ sơ đăng ký thuế đối với người nộp thuế là tổ chức kinh doanh, đơn vị trực thuộc của tổ chức kinh doanh là cá nhân, nhóm cá nhân, hộ kinh doanh; là nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp nộp thuế tại Việt Nam hay đối với ban điều hành dự án thực hiện hợp đồng của nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài trực tiếp nộp thuế tại Việt Nam, nhà thầu, nhà thầu phụ nước ngoài, bên nước ngoài tham gia hợp đồng, hợp tác kinh doanh, kê khai, nộp thuế thông qua bên Việt Nam, cá nhân nộp thuế thu nhập đối với người có thu nhập cao...
Riêng tổ chức, cá nhân thu phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước phải có thêm tờ khai đăng ký thu phí, lệ phí. Đơn vị thu phí, lệ phí được cấp một mã số thuế để dùng chung cho việc kê khai nộp phí, lệ phí và kê khai nộp thuế đối với hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ (nếu có).
Khi mất giấy chứng nhận đăng ký thuế, người nộp thuế phải kê khai với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý để được cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế. Trong trường hợp chỉ tiêu trên giấy chứng nhận đăng ký thuế thay đổi, giấy chứng nhận đăng ký thuế bị rách, nát, hỏng… sẽ được cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế.
Người nộp thuế nếu có thay đổi thông tin đăng ký thuế thì trong thời hạn 10 ngày kể từ ngày phát sinh sự thay đổi thông tin hoặc trước khi chấm dứt toàn bộ các hoạt động phát sinh nghĩa vụ thuế, phải có trách nhiệm thông báo bổ sung với cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Sau 5 ngày kể từ ngày nhận được đầy đủ hồ sơ kê khai bổ sung của cơ sở kinh doanh, cơ quan Thuế cấp lại giấy chứng nhận đăng ký thuế cho cơ sở kinh doanh theo tên mới, với mã số thuế đã được cấp trước đây, đồng thời thu hồi giấy chứng nhận đăng ký thuế cũ.
Trường hợp chuyển địa điểm kinh doanh, người nộp thuế phải khai báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để làm thủ tục chuyển địa điểm. Mọi trường hợp thay đổi địa điểm kinh doanh đều không thay đổi mã số thuế.
Thông tư cũng quy định trách nhiệm của người nộp thuế, cơ quan thuế, cơ quan hải quan và kho bạc Nhà nước… trong đó nhấn mạnh người nộp thuế phải sử dụng mã số thuế để thực hiện các thủ tục kê khai và nộp thuế, phí, lệ phí với cơ quan Thuế và thực hiện thủ tục kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan. Người nộp thuế có hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu phải xuất trình “giấy chứng nhận đăng ký thuế” khi làm các thủ tục khai báo xuất nhập khẩu với cơ quan hải quan và phải ghi mã số thuế trên các giấy tờ giao dịch; phải sử dụng mã số thuế khi mở tài khoản tiền gửi tại ngân hàng hoặc tổ chức tín dụng khác. Nghiêm cấm việc cho mượn, tẩy xoá, hủy hoại hoặc làm giả giấy chứng nhận.
Người nộp thuế vi phạm về đăng ký thuế và sử dụng sai mã số thuế sẽ bị xử phạt đối với các hành vi vi phạm về kê khai đăng ký thuế, kê khai thủ tục hải quan đã quy định tại Luật Thuế, Luật Hải quan và các văn bản pháp quy về xử lý vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế và hải quan.
